Pada 12 September 2008 jam 1.10 petang, beliau telah ditahan untuk kali kedua di bawah Akta Keselamatan Dalam Negeri(ISA). [16] Turut ditahan ialah Tan Hoon Cheng, Teresa Kok dan Syed Azidi. Mereka ditahan kerana boleh menjejaskan keselamatan negara dan hubungan beragama.

Pada 23 September 2008, RPK dihantar ke Kem Tahanan Kamunting, Taiping, Perak untuk tempoh 2 tahun mengikut Seksyen 8, Akta Keselamatan Dalam Negeri (ISA). Arahan itu ditandatangani oleh Menteri Dalam Negeri, Datuk Syed Hamid Albar. Dengan itu habeas corpus yang dikemukakan oleh peguamnya terbatal.Hakim Suraya Othman meminta peguambela mengemukakan hujah pada 28 Oktober 2008.

Bekas Menteri Kehakiman Malaysia, Datuk Zaid Ibrahim turut berada di sebelah Marina Lee Abdullah di mahkamah memberi sokongan moral.[17]